书院开始只是地方教育组织，最早出现在唐朝，正式的教育制度则是由朱熹创立，发展于宋代。原由富室、学者自行筹款，于山林僻静之处建学舍，或置学田收租，以充经费。当时，著名的书院有江西庐山的白鹿洞书院、湖南长沙的岳麓书院、河南商丘的应天书院、江西上饶的鹅湖书院、湖南衡阳石鼓山的石鼓书院、河南登封太室山的嵩阳书院等。

清代书院分为三类：其一中式义理与经世之学；其二以考科举为主，主要学习八股文制艺；其三以朴学精神倡导学术研究。